شاهین در سال ۱۳۲۹/۹/۲۹ تاسیس شد و ۱۳۸۶ تحت پوشش سازمان انرژی اقتصادی پارس قرار گرفت به نام شاهین پارس جنوبی بوشهر تغییر نام داد. این تیم در فصل ۱۳۸۷-۸۸ با شکست ۱-۰ شهرداری تبریز در پلی آف به لیگ برتر فوتبال ایران صعود کرد.
از نتایج خوب این تیم،حذف کردن تیم استقلال از جام حذفی و شکست ۴-۱ پیروزی تهران(با مربیگری علی دایی)در ورزشگاه بهشتی بوشهر بود.